скайп прекрасно передает тоновые сигналы, просто он сам не умеет их обрабатывать .
Теперь несколько варинтов реализации.
1. запись всего скайповского разговора в мп3/вав файл и его дальнейший анализ
2. написание собственного обработчика ДТМФ в реальном времени
Поскольку на осуществление второго варианта у тебя пойдет несколько недель и то при наличии необходимых библиотек, рекомендую первый вариант.
Софт для записи скайп разговоров найдешь сам - его навалом
софт для разбора ДТМФ сейчас на винте не найду, поэтому порекомендую онлайн ресурс http://www.dialabc.com/sound/detect/